El poder predictivo del algoritmo "interpolación mínima de epistasis" puede ser particularmente valioso para la pandemia de COVID-19, es decir, para saber cómo está evolucionando el virus para conocer dónde y cuándo interceptar el virus antes de que alcance su forma más peligrosa.
Este algoritmo, desarrollado en el Laboratorio Cold Spring Harbor, brinda a los científicos la capacidad de ver cómo se pueden combinar mutaciones genéticas específicas para hacer que las proteínas críticas cambien en el curso de la evolución de una especie, en otras palabras, "da como resultado una visualización de cómo una proteína podría evolucionar para volverse altamente efectiva o no ser efectiva en absoluto".
La "epistasis" describe cualquier interacción entre mutaciones genéticas en la que el efecto de un gen depende de la presencia de otro.
El algoritmo ha sido creado probando los efectos de mutaciones específicas que ocurren en los genes que producen la proteína estreptocócica GB1. Esta proteína tiene una estructura compleja, que generaría una enorme cantidad de posibles mutaciones que podrían combinarse en una gran cantidad de formas posibles. Dada la complejidad de la proteína, la visualización del conjunto de datos se volvió importante, por lo que convirtieron los números en imágenes para estudiar mejor lo que nos dicen los datos.
La visualización es como un mapa topológico. La altura y el color se correlacionan con el nivel de actividad proteica y la distancia entre los puntos en el mapa representa el tiempo que tardan las mutaciones en evolucionar a ese nivel de actividad.
Los genes evolucionan de la misma forma: con una mutación que busca el "camino de menor resistencia y mayor eficiencia".
Según los creadores: el algoritmo puede ayudar a "comprender las rutas genéticas que puede tomar un virus a medida que evoluciona para evadir el sistema inmunitario o ganar resistencia a los medicamentos".
Referencia de la noticia: Phys.org.
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